La collection des manuscrits supplémentaires a été ouverte en 1904 par le premier conservateur des manuscrits, Léopold Micheli, et close en 1942 environ. Elle comprend une part importante de manuscrits entrés à la Bibliothèque publique et universitaire entre la seconde moitié du 19e et la première moitié du 20e siècle. Certains manuscrits ont été recotés en Ms. lat. ou Ms. fr. après 1942.
Classés initialement par ordre numérique des cotes, les manuscrits ont été ordonnés par thèmes, à partir de 1954, par le conservateur Bernard Gagnebin.
Cette collection rassemble donc plusieurs pièces isolées et petits ensembles de manuscrits, dont les cotes se suivent ou non.
La collection des Ms suppl. a été inventoriées dans 3 volumes dont les thématiques sont les suivantes:
volume 5 : Ms suppl. : Histoire
volume 6 : Ms suppl. : Théologie, Littérature, Sciences
volume 7 : Ms suppl. : Collections diverses
(d'après Christine Tourn. Voir sous Bibliographie)